1. 接通电源。
2. 穿好洁净的实验工作服，清洁双手，用70%的酒精或其他消毒剂全面擦拭安全柜内的工作平台。
3. 将实验物品按要求摆放到安全柜内。
4. 关闭玻璃门，打开电源开关，必要时应开启紫外灯对实验物品表面进行消毒。
5. 消毒完毕后，设置到安全柜工作状态，打开玻璃门，使机器正常运转。
6. 设备完成自净过程并运行稳定后即可使用。
7. 完成工作，取出废弃物后，用70%的酒精擦拭柜内工作平台。维持气流循环一段时间，以便将工作区污染物质排出。
8. 关闭玻璃门，关闭日光灯，打开紫外灯进行柜内消毒。
9. 消毒完毕后，关闭电源。
注意事项1. 为了避免物品间的交叉感染，整个工作过程中所需要的物品应在工作开始前一字排开放置在安全柜中，以便在工作完成前没有任何物品需要经过空气流隔层拿出或放入，特别注意：前排和后排的回风格栅上不能放置物品，以防止堵塞回风格栅，影响气流循环。
2. 在开始工作前及完成工作后，需维持气流循环一段时间，完成安全柜的自净过程，每次试验结束应对柜内进行清洁和消毒。
3. 操作过程中，尽量减少双臂进出次数，双臂进出安全柜时动作应该缓慢，避免影响正常的气流平衡。
4. 柜内物品移动应按低污染向高污染移动原则，柜内实验操作应按从清洁区到污染区的方向进行。操作前可用消毒剂浸湿的毛巾垫底，以便吸收可能溅出的液滴。
5. 尽量避免将离心机、振荡器等仪器安置在安全柜内，以免仪器震动时滤膜上的颗粒物质抖落，导致柜内洁净度下降；同时这些仪器散热排风口气流可能影响柜内的气流平衡。
6. 安全柜内不能使用明火，防止燃烧过程中产生的高温细小颗粒杂质带入滤膜而损伤滤膜。
生物安全柜的维护为了保障生物安全柜的安全性，应定期对安全柜进行维护和保养：
1. 每次使用前后应对安全柜工作区进行清洁和消毒。
2. hepa过滤器的使用寿命到期后，应由接受过生物安全柜专门培训的专业人员更换。
3. who颁布的实验室生物安全手册、美国生物安全柜标准nsf49生物安全柜标准yy0569都要求有下列情况之一者，应对生物安全柜进行安全检测：安装完毕投入使用前；一年一度的常规检测；当安全柜移位后；更换hepa过滤器和内部部件维修后。
安全检测包括以下几个方面：
1. 进气流流向和风速检测：进气流流向采用发烟法或丝线法在工作断面检测，检测位置包括工作窗口的四周边缘和中间区域；进气流风速采用风速计测量工作窗口断面风速。
2. 下沉气流风速和均匀度检测：采用风速仪均匀布点测量截面风速。
3. 工作区洁净度检测：采用尘埃粒子计时器在工作区检测。
4. 噪声检测：生物安全柜前面板水平中心向外300mm，且高于工作台面380mm处用声级测量噪声。
5. 光照度检测：沿工作台面长度方向中心线每隔30cm设置一个测量点。
6. 箱体漏泄检测：给安全柜密封并增压到500pa，30分钟后在测试区连接压力计或压力传感器系统用压力衰减法进行检测，或用肥皂泡法检测